Dnia 17 października 2011 roku w Filharmonii Krakowskiej ks. dr Jan Kalniuk MS otrzymał z rąk ks. prof. UPJPII dr hab. Władysława Zuziaka nagrodę JM Rektora Uniwersytetu Papieskiego Jana Pawła II w Krakowie za osiągnięcia w pracy naukowo-dydaktycznej i organizacyjnej. To już trzecie tego typu wyróżnienie dla misjonarza saletyna, wykładowcy teologii moralnej.
